
Liền sau khi bước ra khỏi tù, Mehmet Ali Agca đã bị còng ngay lập tức và được điệu đến trung tâm tòng quân để đăng ký nhiệm vụ quân sự, một nhiệm vụ bắt buộc đối với tất cả công dân Thổ Nhĩ Kỳ. Agca đã được khám sức khoẻ để xem có thể được miễn dịch hay không. Agca đã trốn nghĩa vụ quân sự khi có tên trong danh sách thi hành quân dịch vào thập niên 1970.
Từ khi bị dẫn độ từ Italia về Thổ Nhĩ Kỳ vào năm 2000. Agca đã ngồi tù 5 năm trong bản án 10 năm về tội giết một ký giả Thổ Nhĩ Kỳ và 2 tội đi ăn cướp trong cùng một năm 1979. Theo nguồn tin tường trình từ Thông Tấn Xa Anatolia cho biết tòa án Thổ đã ra quyết định rằng Agca đã thi hành trọn án tù và được thả ra.

Liên quan đến vấn đề "một bản chất công lý", bản thông tin nói Tòa Thánh Vatican đã "đệ trình tới những quyết định của tòa án liên quan đến vấn đề này".
Đối với quốc gia Thổ Nhĩ Kỳ, Đức Giáo Hoàng Biển Đức XVI rất có thể sẽ tông du tới quốc gia này vào mùa Thu năm nay.
Mehmet Ali Agca, vừa hết năm tuổi tức tuổi con gà 48 tuổi, đã ngồi tù 19 năm tại Italy trong bản án chung thân vì tội sát hại Đức Giáo Hoàng Gioan Phalô II tại Quảng Trường Thánh Phêrô trong buổi tiếp kiến chung thứ Tư hàng tuần vào ngày 13/5/1981.

Mặc dầu Agca phải ngồi tù thi hành bản án chung thân vì tội sát hại Đức Thánh Cha, thẩm quyền Italia đã khoan hồng thả tự do cho Agca vào năm Thánh 2000 và trả y lại cho Thổ Nhĩ Kỳ. Vào thời điểm ấy, Tòa Thánh cho biết chính đích thân Đức Gioan Phaolô II đã can thiệp để cho Agca được tự do.
Sau khi bị dẫn độ về quê hương mình, Agca đã bị chuyển thẳng vào nhà tù Thổ vì tội giết chủ bút của một nhật báo tự do Thổ Nhĩ Kỳ và 2 tội đánh cướp vào năm 1979.
Luật mới của Thổ Nhĩ Kỳ đã giảm bản án chung thân hay phải ngồi tù 36 năm theo luật Thổ, chỉ còn bản án 10 năm. Cộng thêm luật hình sự được cải cách đã khiến cho tòa án Thổ Nhĩ Kỳ phán quyết rằng Agca đã thi hành đủ bản án tức chỉ còn 5 năm.

Tuy nhiên, Đức Hồng Y Martino nói rằng những bài đọc Kinh Thánh trong Mùa Giáng Sinh vừa qua đã nói đến Đức Kitô được sai đến để "công bố cho kẻ bị giam cầm biết họ được tha" (x Lc 4:18).
Trong một thông tư Đức Hồng Y gởi đi vào ngày 9/1, Đức Hồng Y nói Đức Kitô, với lòng thương xót của Người, sẽ không bẻ gãy "cây lau bị giập", cũng không dập tắt "một tim đèn leo lét".
Đức Hồng Y Martinô cũng ghi chú rằng "Đức Gioan Phaolô II, người đã lập tức tha thứ cho kẻ tấn công ngài, đã đưa ra chủ đề trong thông điệp Ngày Hòa Bình Thế Giới: "Ở đó sẽ không có hòa bình nếu không có công lý, không có công lý nêu không có sự tha thứ".
Vị cựu thư ký riêng của Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II, Đức Tổng Giám Mục Stanislaw Dziwisz tại Krakow nói rằng Cố Giáo Hoàng "sẽ ca tụng" đến tin tức Agca được thả tự do khỏi tù.
Đức Tổng Giám Mục Stanislaw đã nói với tờ báo "Người Đưa Tin Chiều" (Corriere della Sera) số xuất bản ngày 9/1 rằng "Thành thật mà nói Đức Thánh Cha đã tha thứ cho anh ta ngay từ giây phút đầu, và rồi Ngài đã gặp anh ta trong tù, Ngài nói chuyện với anh ta như một người anh".

Tờ báo đã trích dẫn đoạn thư "Trong quá khứ 25 năm qua, Tòa Thánh đã luôn luôn gần gũi đến chúng tôi, đã nâng đỡ chúng tôi, đã tỏ ra rất cởi mởi. Vì điều này tôi cám ơn đến Tòa Thánh Vatican rất nhiều".
Agca viết Tòa Thánh Vatican đã ứng xử với Agca và gia đình của anh ta, tỏ cho thấy tôn giáo là "một dấu chỉ của tình anh em và đối thoại".
"Những lời cám ơn vô bờ của tôi" và "nhân dịp được thả ra và đại diện cho toàn thể gia đình họ Agca, tôi gởi lời chào trân trọng tới vị tân giáo hoàng", Đức Giáo Hoàng Biển Đức.
Từ khi sát hại Đức Giáo Hoàng, vào nhiều thời điểm khác nhau Agca đã nhiều lần phát biểu linh tinh nay thế này mai thế khác cho những gì đã xảy ra và những ai mưu toan đứng đằng sau vụ đó. Đã một lần Agca nói là tình báo Bulgaria đã mướn hắn theo mệnh lệnh của cơ quan tình báo Sô Viết KGB, là cơ quan tình báo của chế độ cộng sản Sô Viết cũ. Vụ này đã đưa đến một phiên tòa và tuyến bố trắng án cho bên bị cáo là Bungary và Thổ Nhĩ Kỳ đã không dính líu tới Mehmet Ali Agca vào năm 1986.
Sau đó thì Agca lại nói rằng sự liên lụy với Bulgary là một trò bịa đặt của tình báo Italia đã hứa hẹn với Agca là sẽ được thả sớm nếu theo đúng kế hoạch của họ.
Vào những năm gần đây, Agca lại nói là y hành động một mình ên. Agca là một người Hồi Giáo, đã công khai nói vào năm 1979 là sẽ giết giáo hoàng khi Đức Giáo Hoàng viếng thăm Thổ Nhĩ Kỳ; trong một lá thư gởi cho nhiều tờ báo Thổ, hắn gán cho Đức Giáo Hoàng là "viên chỉ huy trong cuộc Thập Tự chinh" được các chủ nghĩa đế quốc Phương Tây gởi đi.

Đức Cố Giáo Hoàng Gioan Phaolô II đã luôn đặt lòng tin nơi Mẹ Maria đã cứu mạng sống Ngài khi bị bắn vào ngày Thứ Tư 13/5/1981, ngày kỷ niệm lần đầu tiên hiện ra ở Fatima Bồ Đào Nha. Đúng ba năm sau cũng vào ngày 13/5/1984, Đức Thánh Cha đã đặt viên đạn được lấy ra trong cơ thể Ngài để đặt lên vương miện tượng Mẹ Fatima tại Đền Thánh Fatima.
Theo một gia đình Việt Nam vừa viếng thăm Đền Thánh Fatima vào hồi tháng 10/2005 kể lại, "một chuyện lạ là vương miện và tượng Fatima đã được đúc từ lâu trước khi Đức Giáo Hoàng bị ám sát, thế nhưng nhìn kỹ vương miện mới thấy "chừa" một chỗ, và chỗ ấy vừa đúng khổ để lắp viên đạn bị bắn của Đức Cố Giáo Hoàng".